Heredero de los Estudios de la Villa (1346), del Colegio Imperial, fundado en 1603 por la Emperatriz María de Austria, hija de Carlos V, con el objetivo de educar a los hijos de los príncipes y nobles, y de los Reales Estudios de San Isidro (1625), el Instituto de San Isidro es el centro educativo más antiguo de Madrid y posiblemente de España. Entre sus alumnos cabe destacar algunos de los personajes más destacados de la historia, política, ciencia y cultura como Lope de Vega, Calderón de la Barca, Francisco de Quevedo, José Canalejas, Pío Baroja, Gregorio Marañón, el Rey Juan Carlos I, José de Echegaray, Víctor Hugo, José Luis Sampedro o Vicente Aleixandre. El edificio actual guarda tesoros como un magnífico claustro barroco (1672), una escalera barroca o una elegante capilla (1723), entre otras obras de arte. Es a lo largo de la escalera donde se localiza un pequeño y precioso museo dedicado a la historia del instituto. Durante este semestre, se exponen una selección de instrumentos científicos históricos procedentes del antiguo Gabinete de Física y Química del IES San Isidro, conservados en el museo Nacional de Ciencia y Tecnología